故事的发生地是在一座名为星元市的小城市。 在市内的狮子尾山上，耸立着一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，这个被命名为“摩诺之角”的物体，实际上是16年前“怪兽之日”事件发生之后就矗立在那里的“怪兽的角”。 在世界各地同时出现怪兽的“怪兽之日”事件发生之后，怪兽灾害开始变得日常。日本的地球防卫队开始以武力对付怪兽的同时，怪兽防灾科学调查所（统称SKIP Scientific Kaiju Investigation and Prevention center）也为了防止怪兽灾害的发生和受灾情况扩大，不断对各地区进行科学调查和避难引导。这个组织时至今日，还在不停地调查“怪兽之日”出现的原因和城市中的“摩诺之角”。 年仅7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，他奇迹般地生还并毫发无伤。以此为契机，“优马”踏上了研究怪兽生物学的道路。虽然有着痛苦的过去...
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
——赌上一切去挑战。上吧，才能的原石们啊。改变时代的，是我们“Blue Lock（蓝色监狱）”—— 为了培育出带领日本获得W杯优胜的射手，日本足联设立了“Blue Lock（蓝色监狱）”计划。 被邀请参与计划的是300名高中生。 而且全员都是FW（前锋）。 身处一旦被淘汰就会失去将来加入日本足球代表资格的极限状态下，被选中的才能的原石们逐渐觉醒了身为射手的Ego。 时而踢落他人，时而凭自身的进化从严苛的选拔中生存下来的35人。 跨越了盘旋着Ego的、狂热的生存战的他们，赌上“Blue Lock（蓝色监狱）”计划的存续，向与U-20日本代表展开的史上最疯狂的决胜赛（Big Match）发起挑战！ 现在，为了将自己的Ego铭刻于世，为了亲手改变命运，史上最炽热的战斗<比赛>即将开始。
