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[年轻重案组督察何铁男（周文健饰），凭着天生侦探头脑屡破奇案，在警界早已享负盛名。不久，铁男接受了Jacky（徐濠萦饰）毛遂自荐，首天上任，她即遇上了一件匪夷所思的怪事—一只流浪狗前往警署报案。Jacky在好奇心驱使下，拉着铁男随小狗跑到荒山，于一密林内发现了一具钉在十字架上的恐怖男尸，没有证人，没有证物，只凭一只“证狗”，二人遂辗转追查出死者大D的住所，发现了种种迹象，显示大D的妻子阿莲及好友陈虎嫌疑最大。正当铁男的矛头指向莲与虎之际，在密林附近找到莲的尸首；案情越来越复杂，铁男立刻下令辑捕陈虎归案。翌日，十字架杀人事件又再次发生，受害者竟是陈虎，案情陷入一片迷惘当中，且涉嫌人物亦越来越多……]
这部《雄霸天下》的故事紧接《岁月风云》展开。陆云生（吕良伟 饰）场面做大，他为人重情义不计开销导致入不敷出，遂计划涉足银行业，岂料上海各银行家集体抗拒。陆请动古羽（苗侨伟 饰）协助，终令银行家们低头服输……1937年，政府推行“新生活”运动，陆云生放弃鸦片生意带头戒毒，结果险些丧命，不久卢沟桥事变爆发，陆云生为支持抗战捐赠战机，却仍没有挽回上海沦陷的结局，是役更导致他众多门生身亡。陆云生为躲避日本人暂居香港，期间黄金荣（郑则仕 饰）留沪装傻；袁肃军（徐锦江 饰）投靠日军成为汉奸，陆云生只得派出阿山（汤镇业 饰）刺袁。
抗战终于胜利，陆云生有望成为上海市长，让他颇感欣慰，但冷酷的现实是他已失去利用价值，一代枭雄在不属于他的时代渐入穷途……。
在一幢单元楼里，发生了一起让人震惊的案件。中秋节晚上，太保佐治的家中传来枪声，引发了众人的恐慌和疑虑。在这个事件中，吕主郭成为了最大的嫌疑犯。新来的警察罗佑天受命暗中调查此案。他租住在楼房里，与吕主郭建立了关系，并潜伏在吕的房间里。在搜查中，他发现了弹头和佐治的血迹，但吕似乎对这些事情毫不知情。然而，在调查的过程中，佐治突然出现，引发了一场激烈的争斗，最终导致了佐治的死亡。
由于证据似乎指向了罗佑天，众人开始怀疑他就是凶手。在无法辩解清楚自己的情况下，罗被迫逃到了吕主郭的家中，试图躲避众人的追捕。然而，在吕主郭的家中，罗佑天发现了一个意想不到的事实，即房客老大婆竟然实施了易容术，伪装成了其他人。他意识到吕主郭正处于巨大的危险之中。
飞虎队督察Mike（王敏德）被下放到环境复杂的红番区后，成为一群散漫的生番警察的领导，这群人中尤其烂鬼东（黄秋生）最让他头痛，此人曾殉私让其杀了人的黑帮好友Roy（张耀扬）潜逃，初来乍到时，Mike吃尽他带头搞的苦头。Roy的心腹图钉华（谭耀文）借大佬潜逃坐上第一把交椅 ，成为Mike等人眼中的头号敌手。
Mike为找图钉华犯罪证据监视YoYo时，与之生出真情。偷渡回港的Roy得知被Mike戴了绿帽子后，气急败坏欲找Mike报仇，不想被图钉华一刀劈死。烂鬼东得知好友死讯后立时大怒，独自一人闯入图钉华老巢，刑警即可变作野兽。
