在上一季中，朗娜由于用元素石自卫，而杀了人...元素被污染引发了流星岩直接撞击地球一个小镇---史摩维尔。朗娜逃亡中不幸坠机后究竟看到了什么？而另一方面，克拉克无故消失在洞穴中却出现南极腹地...克洛

第三季故事开始于第二独立团抵达查尔斯顿七个月后。在此期间，查尔斯顿被指定为「新美利坚合众国」的首都，Tom Mason被推选为政治领袖（相当于总统）。但他大多数时间不是待在办公室里处理政务，还是率领军