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正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。 另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。 真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的THE ONE重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被THE ONE取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与THE ONE的决战之火开始燃烧了！
这是一部描绘非线型历史的神话故事。
人类大战持续了将近50年，世界由此分化为大亚细亚连邦共和国和欧共体两大阵营。持久战结束后，大亚细亚连邦共和国终于取得了胜利，并统治了欧洲和亚洲部分大陆，但战利品并不可观，除了土地的荒废，人心的慌乱外，还残留了很多战争后遗症。比如一些在战场上使用过的杀伤性化学武器、细菌武器、核武器等等。
这一情形告诉我们拯救人类、拯救社会、拯救世界刻不容缓，人类处于即将崩溃的状态。怎样去面对这一切？怎样去寻找重生的道路？社会呼唤有志之士勇敢地战出来给这个被战争荒废了世界寻找一个公道。在这样危急的时刻，东博士提倡“完整地制造出人类所有器官的新造细胞”理论，这一理论在学术会上得到了认可。东博士的爱妻绿已久病卧床不起，为了把妻子从死神手中夺回来，东博士也必须完成这个研究。但社会保健部门从研究初期开始就企图独吞这一成果，为了顾全大局东博士在不断让步的情况下，着手开始这项研究。在东博士的呕心沥血的研究下，新造人类终于诞生。但原本是以拯救人类为目的制造的“新造细胞”到头来却于人类为敌，把人类赶进血的世界……
少女芳江（木口亚矢 饰）本是某艺妓馆内的低等侍女，她潜心伺候身为当家艺妓的姐姐菊奴（长谷部瞳 饰），但是菊奴对她颐指气使，绝情绝义。偶然机会，芳江过人的膂力被影野制铁的少爷影野光（斋藤工 饰）所发掘。影野制铁表面上是一家大型家族式钢铁公司，暗中则受命于国家，担负武器的制造工作。与此同时，其创始人影野拳山（志垣太郎 饰）怀有不可告人的野心，他四处网罗人生失意的女孩，将她们训练成美貌与杀伤力并重的艺妓杀手，甚至通过身体机械化改造来加强女孩们的实力。
懵懵懂懂的芳江与菊奴被骗进入影野制铁，姐妹俩更被迫互相残杀。在此过程中，她们为了超越对方而不断加强训练和改造，继而成为影野家族不可或缺的机器人杀手。然而随着任务的进行，芳江却渐渐发现亲情的珍贵以及影野家族的丑恶用心……
娇小害羞的千濑（前田亚季 饰）一直暗恋着同班同学修次（洼冢俊介 饰），终于，在鼓起勇气向修次表白之后，千濑和修次之间纯白的爱情之花绽放了。一天，札幌的上空突然飞来了大量的轰炸机，战争开始了，也就是从那时起，修次发现了深藏在千濑体内的秘密——向来人畜无害的千濑竟然被军方残忍的改造成为了“最终武器”。
尽管心中充满了恐惧与不忍，但只要遭到了攻击，千濑的身体就会不受控制地做出自卫反击，就这样，在短暂的幸福之后，千濑绝望而又无助的，作为兵器的余生开始了。看着身体和心灵都千疮百孔的女友，修次无法说出宽慰之语，他只能通过行动，默默的陪伴在千濑的身边。 .
