突然在世界中心出现的新大陆·圣洲。随着这一沉睡着未知生物及资源的大陆的出现,世界再次进入探险家的时代!在欲望横流的圣洲,少年·又以救助探险家们为生业……。
铃木财团最新的高级酒店落成,小兰(黑川智花饰)、阿笠博士(田山凉成饰)、柯南(藤崎直饰;高山南配音)、灰原哀(柴田幸花饰;林原惠美配音)受到园子(岩佐真悠子饰)的邀请出席了隆重的开幕仪式。与此同时,“日本小姐”评选大赛庆功宴也在酒店同期召开,可就在此前不久,针对日本小姐获奖者寿可怜(奈都纪饰)的威胁书送到了负责人的手中。当所有人都高度紧张的时刻,可怜突然失踪,当她再次出现在众人面前时,却已被杀害,以提线木偶般的恐怖形象登场。诡异的是,柯南和哀在吃了某个蛋糕后神奇地恢复成工藤新一(小栗旬饰)和宫野志保(香椎由宇饰)的本尊形象。他们一面要追查杀害可怜的真正凶手,一面要准备与躲在暗处的黑暗组织展开对决……
故事以TV版为基础,战斗所剩下的骑士只有六人:城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇,并令姊姊复活。而北冈正是帮浅仓脱去杀人罪的律师,他因内疚而多次帮助美穗,可惜美穗并不接受,令他意兴阑珊的退出骑士之间的战斗。为了报仇的美穗不理真司的阻止,仍多次与浅仓战斗,却反而令自己陷入危机,当浅仓向美穗下毒手时,龙牙突然出现解救美穗,并以强大的力量将王蛇压倒,令美穗成功杀死浅仓。由於美穗以为是真司救了她,便相约他出来吃东西希望报答他,而真司和美穗的感情亦得以发展,可惜这个美好时刻却被邪恶的龙牙破坏。镜世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司袭击美穗,美穗於是与龙牙战斗但不敌,虽然美穗被真司所救,但最後因伤重而死…。另一方面取回小时候的记忆的优衣,知道神崎士郎发动战斗的目的是为了自己(详情请看TV版剧情简介的部份),於是她决定以自杀来阻止神崎士郎的疯狂行为。另外真司亦知道自己是小时候间接害死优衣的人,令他感到非常内疚。此时镜世界中的真司出现,并欺骗真司说和他合体可拯救优衣,合体後的龇牙以最强Rider的身份向放夜骑作出挑战。得悉优衣已死的神崎士郎受不了打击,在痛哭嚎叫下消失了,镜世界中的成千上万蜻蜓怪因而失控,飞到现实世界袭击人类。战斗中的夜骑与龙牙终於发现优衣的屍体,在这个冲击下真司竟从龙牙的身体中分裂出来,并和龙牙作宿命决战。最後真司和莲变身成SURVIVE形态,骑著契约兽飞向成千上万的蜻蜓怪,与它们作最後决战,走向未知的未来…。
自风都塔建立30年以来,风都的和平持续了相当长一段时间。但是就在这个夏天,这座平静的城市再起波澜。一群本应死亡的Dopont突然出现在街头,对周遭进行大肆破坏。左翔太郎(桐山漣饰)和飞利浦(菅田将暉饰)合体变身为假面骑士W,风都警署警官照井龙(木ノ本嶺浩饰)则化身假面骑士阿克塞尔,与入侵的Dopont进行殊死搏斗。在国际特务调查机关员玛丽亚•S•克兰贝蒂(杉本彩饰)的协助下,正义战士们击退了入侵者,却发现他们原本都是佩戴了盖亚记忆体的普通市民。从玛丽亚的口中得知,国际重犯大道克己(松岡充饰)及其邪恶组织“Never”的成员们劫持了编号A~Z的26个盖亚记忆体,他们更阴谋占领风都。一场激烈的正邪战争即将展开……
第一部分:假面骑士Decade~完结篇~骑士大战终于开始,世界的破坏者Decade将假面骑士们逐一打败。夏海为了阻止士而和KIVA-LA订下契约,变身为假面骑士KIVA-LA与Decade展开战斗。最终,KIVA-LA一剑刺穿了Decade……各骑士的世界恢复了原样,但Decade的世界却消失了。哀伤的众骑士一起回忆与士并肩作战的日子,而此时,过去的士从各人的回忆中复活!另一方面,超级死神博士与佐鲁大佐、蜂女共同组建超修卡,并制造出Neo生命体杜拉斯……第二部分:假面骑士W~BeginsNight~鸣海侦探事务所这次受“风都”人气歌手安纱美所托,负责调查安纱美亡姐突然出现的不可思议事件。在调查过程中,已去世的前所长鸣海庄吉竟然出现在翔太郎他们的面前,并变身为假面骑士Skull与之战斗。在与庄吉战斗的时侯,翔太郎逐渐回忆起庄吉逝去的那一夜,也是他与菲利普共同成为W的那一夜……第三部分:MOVIE大战2010Decade与W命运般地相遇,并与全平成骑士一同对战超修卡的巨大要塞!
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅,一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观,发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士,50名游戏体验者也多是他们的后代,新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写,也来到现场。这边热热闹闹,游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中,他利用优作的关系加入了体验者队伍,小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”,游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制,“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景,体验者可选择其中之一进入,被淘汰会进入休眠状态,若最后无人走到终点,他们的大脑组织皆会被摧毁,此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街,那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪,他身上正有柯南要找的答案!而优作也在现实中正对案件展开调查。
一天,宇宙開發中心的上空發現了來歷不明的太空船,一名神秘女子出現,中心繼而受到兩隻怪獸的襲擊。超人高斯及時出現,但怪獸極之頑強,高斯幾乎不敵,幸得春野武藏之助,二人融為一體後始威力大增,而正當怪獸快被擊退之際,另一個超人迪斯忽然出現,她竟然出手阻止高斯保護地球,最後竟令高斯及武藏死於怪獸之手。太空船的目的到底是什麼?原來,神秘女子來地球竟是為了維持宇宙的秩序,而要把地球上所有生物全部消滅!為了自救,地球各國各盡辦法,但似乎,高斯的死已是提前判了死刑。地球即將毀於一旦,大家了無辦法,除非奇蹟出現…然而,武藏的親人和隊友都堅信高斯和武藏未死,他們四出奔走,希望奇蹟真的出現!