铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败,决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号,并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注,邀请基德前来挑战,看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请,甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝,双方的对决悄悄展开。另一方面,恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久,红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所,并盗走一种致命的病毒。本片根据青山刚昌的同名漫画改编,是该动画的第14部剧场版。
一年一度的七夕即将到来,东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案,被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大,各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情,毛利小五郎也被邀请参加,柯南则偷偷听取了会议的内容。会后,柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣,继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中,柯南遇到假扮人质的Vermouth,得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时,潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹,新一的身份眼看被拆穿,巨大的危险正向他和身边的人急速袭来……
柯南和小五郎等拉着大队,来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传,大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”,及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传,在“海底宫殿”附近潜水时,意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人,不料其中一人突然遭鲨鱼攻击,不幸身亡!小兰和园子幸运逃难,柯南见那位猎人死状诡异,与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死,跟宝藏传说有着莫大关系,他试图解开背后原因,“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“JollyRoger(海盗旗)”后,满以为有所起色,猎人却突然现身,并偷走了原来发现的宝藏!小兰和园子落在猎人的魔掌之中,性命危在旦夕!隐藏于传说中的讯息是什么?“海底宫殿”有什么秘密?穿越300年时光的暗号,柯南誓要逐步解开迷题
东京、大阪、京都相继发生杀人事件,5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查,发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名,以义经的家臣名字互相称呼,且都持有一本《义经记》,被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信,说若能解开信中所附的画谜,便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺,均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加,服部也来到京都对案件秘密展开调查,并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时,发现有人想置服部于死地,紧接“源氏萤”另一成员被害,而这一切,似乎又都与画谜有关。
东京、大阪、京都相继发生杀人事件,5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查,发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名,以义经的家臣名字互相称呼,且都持有一本《义经记》,被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信,说若能解开信中所附的画谜,便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺,均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加,服部也来到京都对案件秘密展开调查,并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时,发现有人想置服部于死地,紧接“源氏萤”另一成员被害,而这一切,似乎又都与画谜有关。
柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕,绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼,毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀,携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下,他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦(森谷帝二的弟子,第一弹《引爆摩天楼》中,森谷曾向新一挑战)、天才程序员原。期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害,目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系,不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片,两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织,并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因,却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉(灰原)。开幕酒会上,美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀,死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图,她的身下也有一个小酒杯,不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接,A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻,柯南注意到正有一支枪瞄准园子,心中给出了所有疑问的答案,但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信:在26个字母的盘旋飞舞中,他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析,认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石,当晚他及柯南、小兰等人来到剧场,那里早有诸多警察守候。令柯南吃惊的是,基德竟扮成工藤新一出现在众人面前,但他及众人方向不同的紧张过后,宝石并没被盗,柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上,尚有一起杀人计划正被精心设计。
白色斗篷、高礼帽,单片夹鼻眼镜。出现在午夜的高楼,留下拿走宝石的通知函。这是我们熟知的怪盗基德。在《名侦探柯南》里,他是不亚于工藤新一和江户川柯南的明星人物。而他的真实身份则是高中生黑羽快斗(山口胜平配音),为了调查父亲的失踪事件,扮起了父亲之前扮演的角色——怪盗基德,希望引出神秘组织的出现,进而调查出事情的真相。《魔术快斗》首次连载在《少年SUNDAY》上是1987年,中途停载了数次,至今仍未完结。号称杂志上连载时间最长的漫画。由于怪盗基德经常性在柯南里客串,以至于很多人都误认为这是柯南的原创人物,其实基德有其正篇漫画,从其诞生时间来看,他比柯南更早出现,漫画里则有很多奇幻因素,而基德的性格也有所不同。
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。